Alternativ kann ein direkter Erregernachweis über Färbemethoden oder den Nachweis der DNA von Lawsonia intracellularis mittels PCR aus Kotproben geführt werden.
Hierbei ist zu beachten, dass der Erreger nicht kontinuierlich mit dem Kot ausgeschieden wird. Daher ist der Erreger auch bei einer Infektion nicht permanent im Kot nachweisbar. Die Untersuchung von Kotproben auf Lawsonia intracellularis führt oft zu negativen Ergebnissen, obwohl die Tiere dennoch infiziert sind.
Im Gegensatz hierzu belegt der serologische Nachweis von Antikörpern gegen Lawsonia intracellularis (z.B. mit Hilfe eines ELISA) zuverlässig den Kontakt des beprobten Schweins mit dem Erreger.